針對歷史評價問題，臺灣地區前領導人馬英九和國民黨孫文學?？傂ｉL張亞中進行了交鋒。

據臺灣《中國時報》19日報道，馬英九18日出席前“副總統”吳敦義參選黨主席的誓師大會時稱，有報道說“有黨員要清算我，說我是害黨主席、亡國之君”，勸少數同志懸崖勒馬，不要做出“親痛仇快”的事。他同時意有所指地說，“九二共識、一中各表”已有25年歷史，對臺灣有利，不宜任意忽視、變動、廢止，不要改成“一中同表”，讓許多支持者無所適從。

事件源于臺灣《新新聞》雜志日前的一篇報道。文章稱，孫文學校從3月開始，在黨中央舉辦“國民黨領導人歷史評價”系列論壇，在分別評論了兩蔣后，23日將要檢討馬英九的功過。由于之前孫文學?？傂ｉL張亞中等人“平日談起馬幾無好話”，黨主席洪秀柱日前又開口諷刺馬英九，“可見洪營及柱粉對馬的歷史功過早已定調，‘害黨主席、亡國之君’就是終極評價”。

針對馬英九的回應，孫文學校總校長張亞中18日晚在臉譜稱，孫文學校不會用清算來凝聚國民黨的向心力，也不必用斗爭來進行國民黨改革。他說，馬英九引用了一個不存在的事實，在未經查證與了解的狀況下，就認為要“清算”他，“這會是公允客觀的態度嗎？”馬英九的為人是位謙謙君子，是事實，但國民黨敗選也是事實。國民黨是否因馬英九而敗，難道黨員不能討論一下嗎，“真金不怕火煉、陽光無懼烏云。馬英九若真覺得無愧，又何懼人民的議論呢？”在談到馬英九引以為傲的“一中各表”時，張亞中稱，即使在馬8年任內，北京的導彈仍舊對著臺灣，臺灣的國際空間并沒有結構性改善，兩岸的政治敵意也一直存在;“一中各表”的確做出過歷史性貢獻，“但是它真的也是解決兩岸所有問題的萬靈丹嗎？”

最后，張亞中邀請馬英九參加周四晚的討論會。他說，“兩岸關系也是您熟識與自負的領域，而我雖不居廟堂，但多年以來也在臺灣大學政治學系教授兩岸關系研究課程，還寫了20多本專書，對兩岸關系算是有些許了解吧!……我們針對‘一中各表是否為臺灣最佳選擇’做個公開的意見交流如何？”