急凍鳥：113號道路寒冰小徑右上角，需要怪力術。

閃電鳥：流星瀑布最深處，綠寶石原版拿技能機器02“龍爪”的地方。

火焰鳥：冠軍之路2層的右上角。

超夢：二周目，石之洞窟推石進入的洞里，與NPC對話選否獲得破壞基因，之后去120號道路沉寂之窟。

夢幻：對戰開拓區獲得全部7個金象徽后與亞希達對話獲得古老的海圖，之后坐船去世界邊緣。

雷公：新紫堇入口右拐。

炎帝：112號道路熱焰小徑左上角，需要怪力術。

水君：彩幽市瀑布洞。

洛奇亞：抓完關東三圣鳥后，去116道路的瀑布上的右邊洞穴。

鳳王：抓完城都三神獸后，去116道路的瀑布上的左邊洞穴。

雪拉比：二周目，橙華森林湖中心的森林。

雷吉洛克：激活海底遺跡后111號道路沙漠最南端的沙漠遺跡。

雷吉艾斯：激活海底遺跡后105號水路西北方的小島橫穴。

雷吉斯奇魯：激活海底遺跡后120號道路的古代墳墓。

海皇牙：同原版，二周目，詢問天氣研究所2樓的博士。

古拉頓：同原版，二周目，詢問天氣研究所2樓的博士。

裂空座：同原版，裂空座平息古拉頓、海皇牙戰斗的劇情結束后，天空之柱頂樓。

拉迪亞斯、拉帝歐斯：二周目開始跟媽媽對話，選擇的那個全地圖隨機遇;在水靜市燈塔附近的水手處得到船票，之后坐船去南方小島可捕捉沒選的那個。

基拉祈：對戰開拓區獲得全部7個銀象徽后與亞希達對話獲得許愿星，之后去綠嶺市，調查一塊白色巖石。

迪奧西斯：擊敗坂木、交還4塊隕石后，去綠嶺市宇航中心2樓的博士處得到船票，之后坐船去誕生島。

席多藍恩(炎鋼獸)：5.0版被刪除。

雷吉奇卡斯：抓完雷吉洛克，雷吉艾斯，雷吉斯奇魯后的海底遺跡。

迪亞魯卡：三周目，寢龍鎮源初之山頂部的靜止之刻。

帕魯奇亞：三周目，寢龍鎮源初之山頂部的斷空瀑布。

基拉帝納：三周目，抓到超夢后到送神火山塔內頂樓，調查白色墓碑到達反轉世界，戰勝惡系道館并捕捉蓋諾塞克特后在反轉世界盡頭遇到。

克蕾塞莉婭：三周目，夢源鎮右下角房子睡覺。

達克萊伊：三周目，月魘鎮左上角房子睡覺。

瑪娜菲：三周目光輝之海某處潛水，到深海之殿。

賽伊米：捕獲基拉帝納后的輪回鎮一青年處獲得冥界之花，再與綠蔭鎮右下角一女子對話獲得感恩之花，最后去二周目繽紛之路的北面的花之海。

阿爾宙斯：捕獲迪亞魯卡，帕魯奇亞和基拉帝納，魅影摩天樓全部地區通過后擊敗艾沃利獲得天界之笛，去源初之山頂部創世神殿(身上不得帶大師球)。

維庫提尼：三周目，紅蓮之窟最深處。

烈希拉姆：三周目，去沉默地下街調查神秘文字后，幻龍之塔左邊的現實之間。

捷克羅姆：三周目，去沉默地下街調查神秘文字后，幻龍之塔右邊的理想之間。

丘雷姆：5.0版被刪除。

白色丘雷姆：三周目，抓完烈希拉姆和捷克羅姆并與阿庫羅馬交談后，永凍之窟深處的調和之間。

黑色丘雷姆：三周目，抓完烈希拉姆和捷克羅姆并與阿庫羅馬交談后，淺灘洞穴深處的調和之間。

凱爾迪奧：三周目諒解之路右邊的清澈溪流頂部。

蓋諾塞克特：反轉世界斷罪之間，需打敗火箭隊前研究員。